Yoda vẫn là một trong những nhân vật mạnh nhất trong Chiến tranh giữa các vì sao, nhưng ngay cả anh ta cũng không thể đánh bại Palpatine. Sau trận chiến của họ trong Revenge of the Sith, Yoda cảm thấy bị đánh bại và chạy trốn đến Dagobah, nơi anh ẩn náu trong 19 năm. Tuy nhiên, bất chấp thất bại đau đớn trước Darth Sidious, việc lẩn trốn trong gần hai thập kỷ có thể được coi là một hành động hèn nhát. Vậy tại sao Yoda lại phải sống lưu vong?
Với việc Palpatine lên ngôi Hoàng đế Thiên hà và Lệnh 66 đang thanh trừng hàng ngũ của Hội Jedi, tình hình dường như không thể cứu vãn được. Tuy nhiên, trong nỗ lực cuối cùng để cứu thiên hà, Obi-Wan Kenobi và Master Yoda đã chọn đối đầu với Palpatine và Darth Vader mới được xức dầu. Mặc dù Hội Jedi đã bị phá hủy, nhưng cái chết của người Sith sẽ gây ra sự hỗn loạn trên khắp Đế chế mới và có thể cho phép Cộng hòa quay trở lại. Nhưng cuối cùng, Obi-Wan và Yoda đã thất bại, và thiên hà đã phải trả giá đắt.
Cuộc đấu tay đôi của Yoda với Palpatine được kêu gọi cho một sự thay đổi chiến lược
Yoda tuyên bố rằng phe ánh sáng của Thần lực mạnh hơn phe bóng tối, nhưng trận chiến của anh ta với Palpatine gần như ngang ngửa. Sức mạnh của Chúa tể Sith đủ để áp đảo Jedi và khiến anh ta lao thẳng xuống vực sâu của phòng nguyên lão. Tuy nhiên, trận chiến không phải là một thất bại hoàn toàn đối với Yoda, vì Palpatine cũng bị choáng ngợp và dường như đã bị đánh bại ở mức độ tương tự. Tuy nhiên, Yoda vẫn coi cuộc chiến là một thất bại và rời đi.
Mặc dù quyết định lưu vong của anh ấy có vẻ khá đột ngột, nhưng tiểu thuyết hóa Revenge of the Sith giải thích bằng cách xem xét quan điểm của Yoda. Sau khi chiến đấu với Palpatine, anh ta nhận ra rằng người Sith đã trở nên mạnh mẽ hơn nhiều so với Jedi và những năm huấn luyện của anh ta đã thất bại. Mặc dù Jedi đã dạy những giáo lý tương tự trong hơn một nghìn năm, nhưng người Sith đã sử dụng Quy tắc Hai để phát triển và cải thiện bản thân.
Trật tự Jedi vẫn không thay đổi trong một thời gian dài đến mức người Sith có thể vượt qua họ để nắm quyền. Và vì vậy, với thất bại của mình, Yoda phải đối mặt với hai lựa chọn: quay trở lại cuộc chiến và liều mạng, hoặc lẩn trốn và giúp đào tạo thế hệ Jedi tiếp theo. Mặc dù lựa chọn đầu tiên có thể tốt hơn trong thời gian ngắn, nhưng Yoda tin rằng cách duy nhất để người Sith thực sự bị đánh bại là dạy một nhóm Jedi mới, những người không bị ràng buộc bởi các quy tắc của Order.
Khi nhận ra lựa chọn của mình, cuốn tiểu thuyết viết, “Ngay lúc đó, anh ấy biết rằng cái nhìn sâu sắc này mang lại hy vọng cho thiên hà. Nhưng nếu anh ấy ngã xuống đây, hy vọng đó sẽ chết theo anh ấy.” Và vì vậy, Yoda đã trốn đi để nuôi hy vọng và huấn luyện Jedi mới khác với trước đây. Điều này có nghĩa là thay vì bắt những đứa trẻ nhạy cảm với Lực lượng từ khi còn nhỏ, anh ta sẽ đợi Jedi xứng đáng chủ động tìm kiếm anh ta và chọn cho mình một phần của Dòng.
Mặc dù Yoda có thể quay lại sau để đối đầu với Palpatine, nhưng làm như vậy sẽ đặt cược toàn bộ tương lai của Jedi vào một trận chiến. Và ngay cả khi anh ta giành chiến thắng, không có gì đảm bảo rằng Đế chế mới sẽ kết thúc. Vì vậy, bằng cách chấp nhận thua cuộc và lẩn trốn, Yoda biết rằng có hy vọng cho Jedi mới, những người có thể học hỏi từ những sai lầm của mình và đánh bại người Sith một lần và mãi mãi.